冷却塔在日常使用时都是暴露在空气中，空气中有很多的悬浮物、尘埃、杂质会不断的堆积在冷却塔中，所以冷却塔会出现污垢沉淀。冷却水系统内也会滋生大量生物藻泥，造成堵塞现象。

在冬季的时候，冷却塔很少需要使用。而冷却塔中会积累大量的水分，冷却塔中的水分就会对冷却塔的内部造成一定的腐蚀，时间久了，就会腐蚀物质堆积，导致局部的腐蚀情况非常严重。

冷却塔循环水内含无机盐、有机物和微生物等，在某些季节水温能达到35℃以上，若冷却水长期使用不更换或水量补充不足，以及长时间不清洗消毒或消毒不彻底等，就会滋生很多细菌，其中典型的细菌是“军团菌”，这种细菌会造成传染病。在冷却塔的冷却水中大量繁殖并形成微生物气溶胶，部分直接飘逸到冷却塔周围的空气中，使周围800米内都会受到影响。所以，城市的冷却塔是城市污染的一种主要来源。